A Clínica Ginecológica presta atendimento à pacientes de Pelotas e região, que são encaminhadas ao Hospital através do Ambulatório, Pronto Atendimento e Unidades Básicas de Saúde (UBS) conveniadas à Universidade Católica de Pelotas (UCPel).

A Clínica Cirúrgica localiza-se no 5º andar do Hospital Universitário São Francisco de Paula (HUSFP) e dispõe de 39 leitos para atendimento ao Sistema Único de Saúde (SUS). As especialidades médicas são: Neurologista (alta complexidade), Cirurgião Geral e Ginecológico.

A Clínica Médica do Hospital Universitário São Francisco de Paula (HUSFP) dispõe de 47 leitos exclusivos ao Sistema Único de Saúde (SUS), atende a população adulta considerada na faixa etária a partir de 12 anos.

A Clínica Pediátrica Santo Antonio, localizada no 4º andar do Hospital Universitário São Francisco de Paula, destina-se ao atendimento de crianças na faixa etária de 0 a 12 anos com as mais diversas patologias.

O núcleo das UTIs dispõe de 50 leitos, sendo 10 deles destinados ao neonatal, 10 leitos pediátricos e 30 leitos adultos. A UTI atende pelo SUS, por convênio e particular, e é a maior referência de Pelotas e região na quantidade de leitos.