No dia 27 de junho o HUSFP completa 57 anos de história.
 A instituição, que é referência na área da saúde na região sul, reúne profissionais das mais diversas áreas de atuação que se dedicam aos cuidados com a saúde movidos pelo espírito de superação e promoção da vida.
         Mesmo diante de todas as dificuldades que permeiam a área da saúde no Brasil, as transformações contínuas ocorridas nos últimos tempos em nosso hospital representaram um grande avanço. Isto beneficia toda a região que utiliza os serviços oferecidos em Pelotas, considerando que o hospital direciona cerca de 80% de seu atendimento para pacientes do Sistema Único de Saúde.
Em 1958 teve início a história do HUSFP, data na qual foi fundada a Sociedade Hospital de Clínicas de Pelotas Dr. Francisco Simões S/A. Inicialmente a proposta era construir uma casa de saúde, porém o projeto avançou e se transformou em um hospital. No ano de 1976, a Universidade Católica de Pelotas (UCPel), o bispo da diocese e reitor da instituição de ensino, Dom Antônio Zattera, adquiriu o controle da instituição denominada  na época de Hospital de Clínicas da Universidade Católica de Pelotas.
Em 15 de fevereiro de 1976, a Universidade Católica de Pelotas (UCPel), através do bispo da diocese e reitor da instituição de ensino, Dom Antônio Zattera, adquiriu o controle acionário da instituição. Oficialmente, em 1º de agosto do mesmo ano, a UCPel assumiu o comando da casa de saúde, desta vez com caráter filantrópico. Surgia assim o Hospital de Clínicas da Universidade Católica de Pelotas. O nome atual, Hospital Universitário São Francisco de Paula (HUSFP) veio no ano de 1996 com o objetivo de fortalecer a identidade da instituição e seu vínculo com a comunidade.
Atualmente, o HUSFP é o maior laboratório de ensino da UCPel, visto que oportuniza campos de estágio aos acadêmicos do Centro de Ciências da Vida e da Saúde, composto pelos cursos de Ciências Biológicas, Ecologia, Enfermagem, Farmácia, Fisioterapia, Medicina e Psicologia,  além de outras escolas da universidade. Professores e alunos prestam assistência à pacientes do SUS, tanto hospitalar como ambulatorial e saúde básica, pois é no aprendizado prático que se habilita cada um dos futuros profissionais de saúde.
Ao longo desta trajetória o HUSFP destaca-se como um dos maiores hospitais de médio porte do estado.
Seguindo a sua visão, que é promover a saúde de forma ética e humanizada, por meio da assistência integrada com o ensino e a pesquisa, o HUSFP contou com grandes conquistas nos últimos anos, bem como, com a realização de muitos eventos que agregaram inúmeros conhecimentos integrando e motivando a equipe.
Cada colaborador que realiza seu trabalho diário faz parte de forma especial dessa história de 57 anos de assistência à saúde e promoção da Vida.